con il salire delle versioni il mame viene aggiornato e il codice migliorato (peggiorato), per esempio dalla 123 alla 134 è stato cambiato il bios del neogeo, quindi devi scaricarti il bios aggiornato, per i giochi non ho controllato ma basta provare

per quanto riguarda bubble bobble invece ha aggiunto il supporto della mcu, un chip impossibile da dumpare con i metodi tradizionali (lettori di eprom) infatti le suddette mcu devono essere fisicamente aperte poi con dei microscopi fantascientifici vengono fotografati i circuiti interni, poi qualcuno li studia e ne emula il funzionamento, quindi anche in questo caso devi riscaricarti la rom.
nel 99% dei casi se un gioco non funziona al passaggio da una versione all' altra si tratta di modifiche al suddetto 1% a bug o errori di codice, salvo incasinamenti di configurazioni.
spero di essere stato abbastanza chiaro

Ecco il link al mio sito con le foto del cabinato
http://www.webalice.it/bllpla/ DI NUOVO ON-LINE
MAMEPC
NEW
CPU - AMD Athlon II X3 450 3.2GHz
Ram - 4GB Dual-Channel DDR3 Corsair XMS3
Video - Gainward GeForce GT 440 1GB
Scheda Madre - ASUS M4A87TD EVO
HD - 120 SSD Crucial
HD - 250 SSD Crucial