E' un problema di come viene gestita la collection di roms.
Hai due strade per tenere le rom
Splits Sets: cloni e parent restano separati, tuttavia i cloni contengono solo i loro file specifici; dunque hanno bisogno della presenza del parent per funzionare, tuttavia si risparmia parecchio spazio su disco
Merged Sets: cloni e parent sono uniti nello stesso archivio zip riducendo al massimo il numero di file che compongono il romset
Quando scarichi le rom e le butti dentro al mame senza passarle al clrMAMEpro puoi avere questi 'particolari effetti' ed errori come è successo a te.
ti lascio il link alla guida del clrMAMEpro in cui viene spiegato meglio in cosa consiste la differenza tra i due metodi e come usare il programma:
Guida ClrMAMEpro