Per giocare con due joystick, non hai bisogno necessariamente di un programma che emuli la tastiera sui joystick...
Mi spiego meglio, mettiamo che vorresti usare e configurare Mame, puoi tranquillamente configurare i due joystick nei settaggi, idem per tanti altri emulatori, che riconoscono direttamente il joystick e quindi ti danno la possibilità di settare ed abbinare i vari pulsanti dell'emulatore ai pulsanti che preferisci sul joystick.
Il punto è, se windows riconosce due joystick, anche gli emulatori che accettano il joystick ne vedranno due.
Per la questione mouse, ti basta settare un solo joystick per questo scopo, ma onestamente non saprei come aiutarti, nel senso.....
analizzando la questione, mettiamo che il secondo joystick sia configurato come mouse, in quanto il primo ti servirà settato per comandare maximus arcade.
Quindi per fare ciò, xpadder dovrà partire in automatico alla partenza assieme a maximus arcade....
facendo partire un gioco, dovresti inibire questo processo, che resterebbe altrimenti attivo in background, con conseguenze che al momento onestamente ignoro
Ora da quel che ne sò (magari mi sbaglio) si può inibire un dato processo nel chiudere l'emulatore che ne usufruiva, ma non mi sono mai posto il problema di chiuderlo alla sua apertura
Andando alla tua ultima domanda, se vuoi gli stessi pulsanti su tutti gli emulatori, ti basta settarli singolarmente con i medesimi pulsanti, anche se a mio giudizio non sarà cosa semplice, in quanto per esempio non tutti hanno la possibilita di configurare tutti gli svariati pulsanti come sul mame.