Ho i tuoi stessi encoder usb ed ho avuto i tuoi stessi dubbi !!!

Come ti hanno spiegato bene sopra li devi trattare come se fossero due joystick separati, quindi attacchi leva e tasti del primo giocatore sul primo encoder e leva e tasti del secondo giocatore sul secondo encoder, naturalmente entrambe gli encoder collegati a 2 prese usb.
Entri nella configurazione del Retropie e setti prima il primo giocatore e poi il secondo e vai tranquillo.
Una volta impostati UP, Down, Left, Right ed i sei tasti o più ti chiederà anche altri tasti (dato che ha come base il joystick Ps3)... che non hai ... basta tenere premuto un tasto qualsiasi e salterà al successivo fino a quando non arrivi ad OK.