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Può capitare anche con altri computer in altri ambiti, è qualcosa di "noto" ma il più delle volte non te ne accorgi e cerchi la causa altrove.
Ci sono anche programmi che copiano solo i dati, non ricordo il nome perchè non li uso da tempo, oppure da riga comando dovrebbe bastare il semplice xcopy o suo fratello robocopy.
Io di partizioni FAT32 non ne vedo da almeno 15 anni, anche le chiavette da 1GB sono tutte formattate con NTFS o altro (dipende chi le utilizza).
Per tutta una serie di motivi è meglio evitare FAT32 quando si può... anche perchè in genere lo scopri quando poi hai troppa roba dentro per formattare o convertire.