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Tanta carne al fuoco...una grigliata direi! Intanto, per quanto riguarda il disturbo a schermo, ti chiedo: hai eliminato (o isolato) l'amplificatore audio sulla coin door?
Per le novità sui colori, quanto hai toccato il monitor? Hai saldato correttamente i tre colori, sync e massa video sul pettine? Sei sicuro che, visto l'attacco diretto preesistente, non siano stati cambiati parametri di saturazione e cromia via software? A questo punto ci vorrebbe una qualsiasi PCB Jamma per ripatire da zero e capire bene cosa succede.

Si, isolato completamente.
Il monitor non lo avevo minimamente toccato prima di montare la jammasd poi ho provato a fare regolazioni senza successo.
I cavi li ho saldati bene.
Effettivamente non saprei se sono stati cambiati parametri su batocera.
A sto punto mi prendo una pandora per provare?

Ma a questo punto c'è il rischio che il rumore sia (anche) colpa del monitor stesso? sigh

Un normale scheda Jamma non puoi rimediarla?

Dovrei trovarla e comprarla( come la Pandora alla fine).
Avrei un raspberry con convertitore hdmi->vga c'è modo di uscire a 15khz dall'hdmi?

Ma la messa a terra della 220 del tubo catodico secondo voi perchè è scollegata? La collego?
Il filo arriva li vicino ma è nastrato...

È possibile che il rumore ci sia se il bright della bobinoza che alimenta la ventosa sia bassa? Alzando quella sembra che il rumore sparisca, ad ogni modo i trimmer sul nec dovrebbero regolare rgb vero? Quello di regolazione del rosso sembra funzionare, quello del blu no, mentre quello del verde oscilla tra verde completamente assente e verde al massimo.
Inizio a sospettare che necessiterò di un cambio monitor...sigh

Un'altro problema è che se alzo troppo il contrasto sullo schedino i colori iniziano a lasciare delle scie, è normale?

Occhio a smanettare sul CRT come se fosse un moderno monitor LCD...lo dico anche per la tua incolumità! Lo schedino RGB non andrebbe toccato ed in teoria neppure Screen e Focus sul trasformatore di riga (la bobina).
Se c'è una cosa che non devi fare, è il cambio monitor...non è che questi affari li trovi negli shop nuovi di pacca, tutt'al più puoi considerare l'acquisto di uno chassis hantarex (rigenerato come si deve) in luogo del selti, che non è all'altezza del più blasonato ex produttore toscano.
Per fare qualche prova su questo però, devi avere una situazione "pulita", al netto di possibili fonti di disturbo. L'ideale sarebbe una PCB jamma (lascia stare pandora per ora), comunque nel frattempo sincerati di uscire nel modo giusto dal PC, in caso reinstalla batocera se vuoi, ma se fossi in te raserei tutto al suolo ed anche a giudicare dalle poche immagini viste del computer, metterei su XP + CRT Emu Driver.
In questo, installerei il software per avere il monoscopio, da dove procedere alle regolazioni del monitor in modo decisamente più consono, eventualmente sfruttando anche un tool utile come ArcadeOSD, che trovi integrato con i CRT Emu Driver.
Intanto, tornando al trasformatore di riga, riparti da zero e fai così:
Da immagine nera, chiudi tutta la G2 (Screen) ed alza gradualmente fino a che non appaiono le righe di ritraccia, da lì abbasi appena un po' in modo che torni il "buio".
Una volta regolata la G2, prendi un'immagine (meglio fissa e con caratteri o comunque elementi definiti e netti) e regoli il Focus.
Dopodiché se tutto procede normalmente, vai con il monoscopio per capire meglio la situazione colori.

@biasini non saprei cosa sono le rughe di ritraccia e purtroppo, nonostante siano menzionate spesso qui nel forum le immagini sono quasi sempre scadute.
Ho però trovato questo tuo vecchio post: https://www.arcadeitalia.net/viewtopic.php?t=22792
Devo alzare screen fino a che non appaiono queste linee? Il problema è che Anche con il bright al minimo nello schedino (non quella della bobina ma quello con tutte le altre regolazioni) appena alzo di pochissimo il bright sulla bobina l' immagine diventa veramente luminosissima...